一是分类不同。根据宪法规定，军事检察机关是国家设立在军队的法律监督机关。通过行使监督权，惩治犯罪，教育部队官兵忠于职守，维护部队的纯洁稳定，确保宪法和法律在部队的统一执行，确保政令、军令畅通，为提高部队战斗力服务。由此可见，它们都是法律监督机关，其性质与法律地位是相同的。

　　二是管辖对象不同。军事检察院执行的法律、法规，办案所遵循的原则与地方检察机关是相同的，但案件管辖的对象不同。军事检察院案件管辖的对象是现役军人、文职干部及在编职工等，一般公民(战时除外)犯罪不能成为军事检察机关管辖的对象。反之，地方司法机关对现役军人犯罪的案件也不能实施管辖。

　　三是隶属关系不同。地方各级人民检察院是在上级检察院的领导下，向权力机关即人民代表大会负责。而军事检察机关在由上级检察院领导的同时，隶属于政治部，是军队政治机关的一个组成部分。除完成办案任务外，还需参加部队的中心工作。

　　四是任检察官的主体不同。军事检察官除学历条件、司法资格与地方检察官相同外，主体和政治条件要求不同，必须是现役军官(文职干部和职员均不能担任军事检察官)，且是中共党员。因为军事检察官在军队分类中属于政工干部，非党员不能任军事检察官。准确地说，他们都是身着军装、肩扛军衔的检察官。在军官分类中，属于政治工作军官。

　　五是办案业绩的宣传方法、途径不同。由于军事检察官所办案件大都涉及军事秘密，要求他们“只干不说，或多干少说”，因此，对他们所办案件和办案中取得的成绩只能在军队内部给予适当通报或宣传表彰。他们必须具备甘当无名英雄的品质。有位领导曾这样评价道：如果说人民解放军是共和国的长城，那么，军事检察官就是保护长城的卫士。他们的工作得到了最高人民检察院和部队党委的肯定，他们深受部队官兵的爱戴。广大官兵亲切地称他们是军中护法人。